针对新方案，分析人士认为，改革不可能一步到位，因此医改对医药行业的影响也将是循序渐进性的。渤海证券医药板块分析师马霏霏认为，医药分家、市场扩容、份额分割及产业集中度的提高都不可能一步到位，但可以肯定的是，在这一过程中一定有研发、规模、品牌和品质等优势的企业最先受益。
新方案对未来医药行业的影响可以从以下四个方面分析。
1直接扩大对医疗方面的需求。新方案明晰新医改远期目标是“到2020年覆盖城乡居民的基本医疗卫生制度基本建立”。也就是说，2020年医保的覆盖面将覆盖90%以上的城乡居民，将有12.8亿人享受医保带来的好处，与此同时医保的保障水平将不断提高，未来医疗这一庞大的市场蛋糕将继续被做大，预计药品的消费规模将站到这个市场的40%。
2通过供方体系间接影响医疗需求。为了达到医药分家的目的，未来国家将向医院和医生出台一系列的激励和制约政策，建立临床用药指南为合理用药建立制度基础。与此同时，加强医院的信息披露并公式接受政府的监管和群众的监督。这些举措将改变医院和医生的用药习惯，从而间接影响医疗需求。
3国家将出台一些列的配套政策对医药行业将产生影响深远。马霏霏预计，价格政策方面，国家将对仿制药的定价实行递减定价，并对医院药品的加成比例进行进一步的控制；采购政策上，将进一步完善集中采购，未来商业的加价部分在药品价格的比例将不断降低，商业作为一个独立环节将被逐步弱化，只充当物流配送商的角色。
4从产业政策方面看，国家也将出台一系列措施鼓励创新，未来药企将实现优胜劣态，产业集中度将进一步提高，与此同时中医药作为中国的瑰宝将得到大力的弘扬，有关发展中医药的鼓励政策将作为医改的配套文件颁布。而监管政策当然必不可少。事实上，国家已经出台了一系列的监管政策目的只有一个就是确保药品的安全和医药产业各环节的健康发展。
