全国医药行业协会会长秘书长联席会议在新医改征求意见后，共同研究形成一份建议：在落实“管办分开”、“医药分开”的同时，要充分保障医药行业的市场经济地位，减少行政干预。
新医改征求意见中提出基本药物“定点生产”、“直接配送”、“零差率”等措施，医药协会认为都带有严重的行政干预色彩，违背市场经济规律，应重新论证。
“这些政策一旦出台，将会直接影响到医药行业的生产、流通、零售等各个领域，并且这些政策的有效实施不仅难度很大，甚至直接危及到部分企业的生存和发展，还有可能出现新的权力寻租，滋生新的腐败。”
新医改征求意见中提出“基本药物由国家实施招标定点生产或集中采购、直接配送，减少中间环节……”医药行业协会会长秘书长们认为，这必将打乱药品生产和供应模式，割裂医药产业供应链。“这几年实施的药品集中招标采购，中间环节不仅没有减少，反而增加了中介机构这一环节，打乱了医药企业正常的经营秩序，产生了诸多问题，诸如部分急救药品无法保证的情况。”如果国家（卫生行政部门）直接干预药品生产流通，将严重背离基本药物制度的根本目的和药品生产流通的市场经济规律，与深化医药卫生体制改革的方向和进程是背道而驰的。
协会建议，应按照市场经济规律，充分发挥现有医药生产、流通企业及社会零售药店的作用。应由医保和政府采购的代表机构选择生产供应企业，生产供应企业选择批发配送企业，购销双方签订药品供货合同。
